Wszystkie pozycje naukowe publikowane przez wydawnictwo Harmonia Universalis podlegają recenzji specjalistów z właściwej dziedziny. Jednak zanim przedłożona praca dotrze do recenzenta, musi uzyskać akceptację kolegium redakcyjnego (recenzja wewnętrzna). W przypadku odrzucenia propozycji wydawniczej na tym etapie Harmonia Universalis zobowiązuje się do usunięcia wszystkich jej kopii z twardych dysków i innych nośników danych. Natomiast w przypadku zaaprobowaniu książki przez redaktora naczelnego i redaktora prowadzącego trafia ona do recenzenta – naukowca posiadającego przynajmniej stopień doktora habilitowanego. Pisemna recenzja jest później przechowywana przez wydawcę, a jej fragmenty mogą zostać wykorzystane w celach promocyjnych. Niezbędnym elementem recenzji naukowej jest konkluzja dopuszczająca omawianą pracę do druku – rekomendacja ze względu na wysoką wartość, jeśli chodzi o rozwój dyscypliny naukowej bądź innowacyjność podjętych i opisanych w tej pracy badań. W przypadku zastrzeżeń sformułowanych przez recenzenta autor pracy naukowej jest zobowiązany do naniesienia koniecznych poprawek, natomiast w przypadku recenzji jednoznacznie negatywnej prace produkcyjne nad książką zostają przerwane. Harmonia Universalis sprawdza przygotowywane materiały programem antyplagiatowym, dokłada też wszelkich starań, aby przeciwdziałać takim zjawiskom jak ghostwriting i guest authorship oraz zobowiązuje autorów w umowach do poszanowania osobistych praw autorskich innych osób.